Sejarah Pendidikan di Pesantren Hidayatullah Balikpapan berbeda dengan pesantren pada umumnya. Awalnya Hidayatullah tidak bergerak di Pendidikan tapi dibidang social & dakwah. Menampung anak-anak Yatim piatu, terlantar & melayani dakwah di masyarakat. Tidak ada Pendidikan formal, meskipun santri sudah banyak dari usia bayi hingga orang tua. Ada istilahnbya KMM atau Kuliah Mubalighin Mubalighat. Ada juga KDI Kuliah Dinul islam. Dua Lembaga tersebut yang melahirkan kader-kader awal membuka cabang-cabang Hidayatullah di berbagai daerah. Kemudian akhir tahun 80-an, baru ada desakan untuk mengurus perizinan Pendidikan formal ke Kemenag dan Diknas. Di mulai darii Tk,MI Raadhiyatan Marhiyyah dilanjutkan Mts dan MA putra dan putri. Selanjutnya berdisi Sekolah Tinggi Ilmu Syariah (STIS) Hidayatullah dan program unggulannya Pendidikan Ulama Zuama (PUZ). Berdiri juga Pendidikan usia dini (Paud) Al Aulad. Alhamdulillah sejak awal berdiri hingga sekarang Pendidikan di Gunung Tembak masih konsisten untuk berbasis kader. Bahkan Hidayatullah dikenal sebagai pabrik kader karena hingga sekarang melahirkan kader yang siap ditugaskan dakwah ke mana saja. Pendidikan dan dakwah adalah mainstream Gerakan Hidayatullah. Dalam tataran tehnis dilembagakan di Lembaga Pendidikan dan Pengkaderan Hidayatullah (LPPH) atau Bidang 1 di Badan Struktur Yayasan Pondok Pesantren Hidayatullah (YPPH) Balikpapan. Ada MP3 (Majelis Pertimbangan Pendidikan Putri) yang mengkoordinasikan Pendidikan yang ada di lingkungan putri. Ada keinginan besar Pendidikan di Hidayatullah Gunung Tembak ini yaitu memnampung sebanyak-banyaknya santri. Tujuan agar semakin banyak melahirkan kader yang bisa ditugaskan untnuk megemban Amanah dadkwah dan tarbiyah dan tarbiyah di seluruh pelosok dunia, bukan hanya pelosok negeri Artinya saat untuk go Internasional.